无菌车间又叫无菌室，它的要求更高，除了按洁净室要求处理空气中微粒外，还需要对室内空气进行灭菌处理，即同时要去除生物污染源，对灭菌室检查还需要对室内空气采样培养，以杜绝感染源。医院手术室、血液透析室、药品及三类一次性医疗用品生产都要求使用无菌室；但是检测时需要检测浮游菌、沉降菌等菌落数。

　　无菌定义是要求没有活体微生物的存在，为了达到无菌车间内没有活体微生物，无菌车间在产品制造过程中需要采取各种方法来去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。